Фамилия Лугуткина — женская форма фамилии Лугуткин, а та, в свою очередь, образована от прозвища или нецерковного имени Лугутка. Словообразовательная модель здесь классическая для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — сын или дочь Лугутки). Мужской вариант Лугуткин, скорее всего, закрепился в документах как отчество, а затем перешёл в наследственную фамилию.

Корень «Лугут-» неочевиден и вызывает споры, что делает фамилию интересной для этимолога. Самая прямая версия — связь со словом «луг». В этом случае Лугутка — уменьшительно-ласкательная форма от Луг (как Ждан — Жданка, Беляй — Беляйка). Исходное прозвище Луг могли дать человеку, жившему у заливного луга, владельцу покоса или пастуху. Суффикс -ут- в русских прозвищах встречается реже, чем -к-, но он возможен как вариант народной этимологии: например, от «лугутый» — то есть имеющий отношение к лугу, хотя такого прилагательного в словарях нет.

Вторая версия, менее очевидная, — фонетическое искажение. В некоторых говорах «лугутка» могло быть переосмыслением слова «лагута» или «лагутка» — так в псковских и тверских говорах называли болтуна, пустомелю (от «лагать» — врать, болтать). Если это так, то фамилия уходит корнями в диалектную лексику северо-запада России, и её носители могли происходить из Псковской или Новгородской губерний. География фамилии Лугуткиных это косвенно подтверждает: большинство записей XIX века встречается в Тверской и Новгородской губерниях, что указывает на очаг бытования именно в этих краях.

С точки зрения социальной истории, фамилия на -ин типична для крестьянской и мещанской среды центральной России. Дворянские роды чаще оформлялись суффиксами -ов/-ев или -ский. Поэтому предки Лугуткиных, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми, а сама фамилия закрепилась в документах после отмены крепостного права, когда бывшим крепостным массово давали фамилии по прозвищам и именам глав семей.

В написании фамилия устойчива: безударное «у» в первом слоге не вызывает вариантов (Лугуткина, не Лагуткина), хотя в устной речи возможна путаница с фамилией Лагуткин, имеющей совсем другое значение — от имени Лагут (производное от Евлогий).