Фамилия Лагуткина образована от имени Лагутка. Это разговорная, обиходная форма крестильного имени Лонгин (в русской традиции известного также как Логгин). Имя Лонгин латинского происхождения и означает «длинный», «продолговатый» — в древности его могли давать высоким, стройным людям. Чередование гласных о/а в основе (Логгин → Лагутка) объясняется влиянием «акающего» произношения, распространённого в южнорусских и среднерусских говорах.

Суффикс -к- в имени Лагутка — типичный для русских уменьшительно-ласкательных форм имён (ср. Иван → Иванка, Дмитрий → Митка). А суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Лагуткина — «дочь или жена Лагутки», а в более широком смысле — «из рода Лагутки».

Существует и другая версия, менее правдоподобная: что фамилия восходит не к имени, а к прозвищу Лагун. В диалектах лагуном называли полного человека маленького роста — слово того же корня, что и «лагун» (бочонок, кадушка). Однако большинство фамилий на -ин образованы от имён, а не от прозвищ, поэтому версия с именем Лонгин/Логгин выглядит надёжнее.

Фамилия Лагуткина встречается преимущественно в центральных и южных областях России — там, где было распространено «аканье». Её можно встретить в старых переписных книгах по Рязанской, Тамбовской и Воронежской губерниям. Мужской вариант фамилии — Лагуткин.