Фамилия Лунникова — женская форма фамилии Лунников, и её разбор стоит начать с суффикса. Модель на -ов/-ев — одна из самых распространённых в русской ономастике: она указывает на принадлежность («чей?»), то есть Лунников — это сын или потомок человека по прозвищу Лунник. Суффикс -ник здесь не уменьшительный и не профессиональный в прямом смысле, а образует имя деятеля или носителя признака. Так что исходное слово «лунник» могло означать человека, связанного с луной.

Самая прямая и правдоподобная версия — прозвище Лунник дали человеку, который часто работал или бодрствовал по ночам, при лунном свете. В крестьянском быту, когда не было электричества, лунные ночи использовали для срочных полевых работ, сенокоса или рыбалки. Тот, кто предпочитал ночное время, легко получал такое прозвище. Альтернативная гипотеза связывает «лунника» с лунатизмом — сомнамбулическим хождением во сне. Это тоже возможный, хотя и менее частый источник: в народе лунатиков называли «лунниками», приписывая их состояние влиянию ночного светила.

Спорная и слабая версия — связь с названием растения «лунник» (лунария). Эта декоративная трава с серебристыми стручками известна в народе, но прозвища по растениям обычно давали по внешнему сходству или месту жительства («в луннике», то есть на поляне, где оно росло). Однако фамилия Лунников не зафиксирована в старых боярских или дворянских родословных, что указывает на её крестьянское или мещанское происхождение. Скорее всего, предок носителя фамилии был простым человеком, чья особенность — ночной образ жизни или склонность к лунатизму — закрепилась за ним в виде прозвища.

Географически фамилия Лунников встречается в центральных и южных областях России, особенно в Рязанской, Тамбовской и Воронежской губерниях, где ночные полевые работы были обычным делом. В словаре русских фамилий Б. Унбегауна модель на -ник с основой «лун-» отмечена как типичная для прозвищ, образованных от природных явлений. Таким образом, Лунникова — это не редкая экзотика, а фамилия, рождённая крестьянским бытом и наблюдением за повседневностью.