Фамилия Лунячек звучит на слух необычно, но устроена прозрачно: это типичная западнославянская или украинская модель с уменьшительным суффиксом. Основа здесь — «лунь», и в данном случае речь почти наверняка не о хищной птице (лунь — род соколиных), а о прозвище или имени человека. В славянской антропонимии «Лунь» — это не только птица, но и человек с очень светлыми, почти белыми волосами или бровями, «белёсый». Сравните с украинским «лунь» — седой, белый. Прозвище Лунь давали либо седому от природы человеку, либо альбиносу, либо тому, кто рано поседел. К нему добавили уменьшительный суффикс -як (в польском -ak, в украинском -як), который часто превращает прозвище в фамилию, а затем — чешский или польский суффикс -ек, который в славянских языках даёт значение «маленький» или «сын». Итог: Лунячек — это «сын маленького Луня» или, проще, «Лунёныш».

Сам по себе суффикс -ек в этой фамилии указывает на чешское, словацкое или польское происхождение (сравните: Новачек, Маленек). В русской среде такие фамилии встречаются редко, они либо принесены переселенцами из Западной Украины или Беларуси, либо имеют польские корни. В Польше фамилия Łuniaczek существует и сегодня, хотя и нечастотна. Если предки Лунячеков жили на территории бывшей Речи Посполитой, то фамилия могла закрепиться у шляхты или мещан, но чаще — у крестьян, получивших прозвище за внешность.

Версия, что фамилия связана с глаголом «лунить» (бить, колотить) или словом «лунь» в значении «дурак» (диалектное), менее вероятна: суффикс -ячек нехарактерен для таких основ. Есть и редкая возможность, что основа восходит к имени Лунь — сокращённой форме от Лукьян или Лука (по аналогии: Луня = Лука + уменьшительное), но тогда фамилия звучала бы скорее как Луняков или Лунькин. Логичнее и правдоподобнее всего — прозвище по цвету волос: предок был белобрысым или седым, и это закрепилось в фамилии на века.