Фамилия Луначек — редкий для России случай, когда славянская основа «обернулась» иноязычным суффиксом. Корень здесь — «лун-», от слова «луна». Но суффикс «-ек» в русском языке не образует фамилий, зато это типичный уменьшительный суффикс в западнославянских языках, особенно в чешском и словацком. Луначек — это «маленькая луна» или «лунка», прозвище человека, связанного с луной: возможно, лунатика (того, кто ходит во сне), или же человека круглолицего, бледного, с «лунным» цветом лица. В польском языке был бы вариант Луначек или Лунчик, в чешском — Луначе́к с ударением на последний слог.

В России фамилия появилась, скорее всего, в XIX веке, когда в состав империи входили западные губернии с польским, белорусским и украинским населением. Позже её могли принести переселенцы или те, кто русифицировал свою фамилию, оставив основу без изменений. Встречается она крайне редко, в основном в центральных областях и на юге.

Интересно, что в русских говорах «луна» могла означать не только небесное тело, но и блеск, свет, белое пятно. Поэтому Луначек могло быть прозвищем человека с бельмом на глазу или с седой прядью. Однако эта версия уступает западнославянской по вероятности: суффикс выдаёт происхождение.

Сравните с однокоренными фамилиями: Лунаев, Лунаков, Лунин. У всех них русские суффиксы, а Луначек стоит особняком. Если ваш предок носил такую фамилию, он почти наверняка был выходцем из Чехии, Моравии, Словакии или из польско-украинского пограничья, где фамилии на «-ек» — обычное дело.