Фамилия Лунюшин — хороший пример того, как из разговорного прозвища, через цепочку суффиксов, рождается русская фамилия. В её основе лежит просторечная форма крестильного имени Леонид, а именно — Лунь. В народе имя Леонид часто сокращали, переделывая на свой лад: Лёня, Лёнька, а затем и Лунь. От этого «Луня» с помощью ласкательного суффикса -юш- (как в словах «дедушка», «батюшка») образовалось имя Лунюша — так могли называть ребёнка или взрослого, но с оттенком ласки или фамильярности. А уж от Лунюши, по самой распространённой русской модели, появилась фамилия Лунюшин, отвечающая на вопрос «чей?»: сын Лунюши.

Версия с птицей лу́нем — хищником из семейства ястребиных — менее вероятна, хотя и напрашивается. Прозвище Лунь за человеком действительно могло закрепиться: так могли назвать бледного, светловолосого или подслеповатого человека (лунь — птица с пепельно-серым оперением и слабым зрением). Но в таком случае фамилия звучала бы как Лу́нев или Лу́нин, а не Лунюшин. Суффикс -юш- однозначно указывает на уменьшительно-ласкательную форму имени, а не на птичье прозвище. Поэтому лингвисты и ономасты (в частности, исследователи русских фамилий) связывают Лунюшина именно с каноническим Леонидом.

Фамилия довольно редкая. Встречается в центральных и северных областях России, особенно на Вятке и в бывшей Пермской губернии — там, где традиционно любили «окать» и использовать уменьшительные формы имён. В некоторых говорах имя Лунюша могло быть самостоятельным, независимым от Леонида, но это лишь подтверждает общий механизм: фамилия образована от личного имени, а не от прозвища по внешности. Носители фамилии Лунюшин, скорее всего, потомки того самого Лунюши — крестьянина или ремесленника, которого в деревне знали по имени-отчеству, а закрепилось за его детьми прозвание по отцу.