Фамилия Лупкина — женская форма, а её мужской вариант Лупкин. Это типичная «ин»-фамилия, то есть образованная с помощью суффикса -ин, который в русском языке указывает на принадлежность: «чей?» — «Лупкин», то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Лупка.

В основе лежит имя Лупка. Это не каноническое церковное имя, а народная, разговорная форма. Скорее всего, это уменьшительное от имени Лупа (Лупп). В святцах есть мученик Лупп, день памяти которого приходится на конец августа. Имя Лупп в древнерусском быту сокращалось до Лупа, а от него уже образовывали ласкательные формы: Лупка, Лупко. Таким образом, Лупкин — это «сын Лупки».

Второй, менее распространённый вариант происхождения — от прозвища. В некоторых говорах «лупка» могло означать нечто, с чем связан процесс «лупления» — очистки коры, кожуры, или же человека, который «лупит» (бьёт, колотит). Но это скорее народная этимология. Самая надёжная версия — от имени Лупп, которое, в свою очередь, восходит к латинскому lupus — «волк». Так что в отдалённом смысле Лупкины — это «волчата», хотя напрямую фамилия звериного прозвища не содержит.

Фамилия не относится к числу самых распространённых, но встречается в центральных областях России, а также в Поволжье. Если судить по данным переписей, Лупкины — это в основном бывшие крестьяне и мещане. Дворянских родов с такой фамилией в истории не зафиксировано.