Фамилия Лупундюк — редкий случай, когда географию происхождения можно определить почти с первого взгляда. Суффикс -юк характерен для западноукраинских фамилий, особенно распространённых на Буковине, Волыни и в Подолье. В польском и украинском языках этот суффикс выполнял ту же роль, что русские -ов/-ев или -ин: он указывал на принадлежность человеку или его потомку. Лупундюк — буквально «сын или потомок Лупундя».

Основа «Лупунд» — тёмная и неочевидная. Самое вероятное объяснение — прозвище от глагола «лупить» (в значении «бить, драть, сдирать»). В украинских говорах «лупун» могло означать того, кто дерёт кору, кожу или просто забияку. Форма с конечным -д (Лупунд вместо Лупун) могла возникнуть под влиянием местного произношения или как вариант с уменьшительным суффиксом -д, хотя это уже область предположений. Менее вероятно, но возможно, что в основе лежит диалектное слово, связанное с лубяным промыслом — заготовкой лыка.

Вторая версия, слабее, — связь с личным именем. В православных святцах имени Луп нет, но в католических есть святой Луп (Lupus), что значит «волк». В украинской традиции имя Луп могло бытовать как народная форма, но это скорее исключение. Если бы фамилия образовалась от канонического имени, мы бы ожидали форму Лупов или Лупин, а не Лупундюк.

С точки зрения словообразования фамилия стоит в ряду с такими, как Ковалюк, Павлюк, Степанюк. Но если Ковалюк прозрачен («сын кузнеца»), то Лупундюк — тёмная лошадка. Именно это и делает её ценной для ономастики: она сохраняет следы местного прозвища, которое могло быть связано либо с характером человека, либо с его ремеслом, либо с бытовой шуткой, непонятной спустя столетия.

Носителей фамилии мало, и они почти не встречаются за пределами Западной Украины. В дореволюционных метриках фамилию можно найти в сёлах нынешней Хмельницкой области. Сословно это, скорее всего, крестьянская или мещанская фамилия — дворянская генеалогия для неё не прослеживается.