Фамилия Лушенькин образована от имени или прозвища Лушенька. Это уменьшительно-ласкательная форма крестильного имени Лукьян (от латинского Lucianus — «светлый») или, реже, Лука (от греческого «свет»). В русской народной традиции имена Лука и Лукьян часто переходили в обиходные формы: Лукьян превращался в Лукьяшку, Луня, Лушу, а от Луки шли Луканя, Луконя и та же Луша. Лушенька — характерный для северных и центральных говоров вариант, где суффикс -еньк- придавал имени оттенок ласки, нежности.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Лушенькин буквально означает «сын Лушеньки» или «человек из рода Лушеньки». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от имен на -а, -я. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще возникали от полных имен или прозвищ на согласный, -ин закреплялся за «материнскими» и «ласкательными» основами. Лушенькин — фамилия недворянская, крестьянская или мещанская: в дореволюционной России отчества-фамилии на -ин широко бытовали среди простого люда.

Географически фамилия редкая, с явным «северным следом». В переписях XIX века Лушенькины встречаются в Вологодской, Архангельской и Вятской губерниях — там, где уменьшительные формы на -енька были особенно распространены. Например, в метрических книгах Тотемского уезда Вологодской губернии за 1850-е годы фиксируются крестьяне Лушенькины из деревень по реке Сухоне. Это подтверждает, что фамилия не пришлая, а местная, образовавшаяся в среде севернорусского крестьянства.

Есть и неочевидная версия: прозвище Лушенька могло произойти не от имени, а от диалектного слова «лушенька» — так в некоторых говорах называли лукошко, корзину из лыка, а также человека, который плетёт такие корзины. Но эта гипотеза слабее: во-первых, слово «лушенька» в значении «корзина» фиксируется только в единичных говорах Смоленщины, а фамилия явно северная; во-вторых, прозвища по ремеслу обычно давались в форме «Лукошник», «Корзинкин», а не с уменьшительным суффиксом. Так что основная и самая надёжная версия — от имени Лукьян или Лука через ласкательную форму.

Фамилия Лушенькин не имеет известных дворянских ветвей и не попала в «Бархатную книгу». Её носители — потомки тех, кого в документах записывали просто «Лушенька», без фамилии, а сыновей уже именовали Лушенькиными. В советское время фамилия не менялась, хотя в некоторых переписях встречается искажённое написание «Лушенкин» (с одним «ь»), что связано с упрощением произношения в паспортных столах.