Фамилия Лусюнин — редкая и неочевидная по происхождению. Её основательнее всего разбирать через суффикс и географию, а не через корень, который на первый взгляд не даёт ясного значения.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Лусюнин, то есть сын или потомок человека по прозвищу или имени Лусюня. Такая модель типична для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин активно вытесняли более архаичные формы. Само же прозвище Лусюня могло образоваться от глагола «лусить» — в некоторых диалектах это означало «хитрить, лукавить, обманывать» (ср. «лукавый»). Тогда Лусюня — хитрец, плутоватый человек. Возможна и связь с диалектным «лусь» — удар, оплеуха, что дало бы прозвище драчуну или задире.

Менее вероятная, но допустимая версия — от имени Лука через уменьшительную форму Луся. В ряде говоров мягкое «с» в суффиксе -юня давало Лусюня, а фамилия закрепилась как Лусюнин. Но здесь мешает то, что от Луки обычнее фамилии Лукин, Лукинский, Лукашов — форма Лусюня скорее окказиональная, местная.

Интересно, что фамилия почти не встречается за пределами узкого ареала — единичные носители зафиксированы в старых записях по Вологодской и Архангельской губерниям. Это косвенно подтверждает версию о диалектном корне: именно северные говоры сохраняли такие глаголы, как «лусить». Ни в дворянских родословных, ни в купеческих списках Лусюнины не значатся — скорее всего, это фамилия крестьянская или посадская, возникшая в среде, где прозвища давали по поведению, а не по профессии.

Таким образом, Лусюнин — потомок того, кого в деревне прозвали Лусюней за хитрость или драчливость. Фамилия осталась локальной и не разошлась широко, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска по Русскому Северу.