Фамилия Лисюнин — один из тех случаев, когда внешне ясная основа таит в себе несколько возможных объяснений. На первый взгляд, корень «лис» намекает на прозвище, связанное с плутовством, хитростью или рыжим цветом волос. Но суффикс «-юн-» заставляет присмотреться внимательнее.

В русских фамилиях суффикс «-юн(ин)» встречается редко и обычно указывает на прозвища с уменьшительно-ласкательным или, наоборот, уничижительным оттенком. Сравните: горюн, ворчун, говорун. Лисюн — так могли назвать человека не просто «лиса», а скорее «маленького лисёнка» или того, кто ведёт себя как лисёнок: юркий, льстивый, несерьёзный. Фамилия Лисюнин, таким образом, образована по модели «прозвище на -юн + притяжательный суффикс -ин»: Лисюн → Лисюнин, то есть «сын Лисюна». Это типичная для северных и центральных русских земель модель, где суффикс «-ин» присоединялся к основам на -а, -я, а также к прозвищам на согласный.

Есть и вторая версия, менее очевидная. В некоторых говорах «лисюн» — это не зверь, а растение, кустарник, похожий на можжевельник (так называли, например, рододендрон даурский). Прозвище могло закрепиться за человеком, жившим в зарослях такого кустарника или торговавшим им. Однако эта гипотеза менее подкреплена: в ономастических словарях (например, у Б. Унбегауна) подобных примеров почти нет, а фамилии от названий растений чаще образуются через суффиксы «-ов» (Лисунов) или «-ин» от прямых названий (Лисов).

Третья, совсем бытовая версия: Лисюн — искажённое от «Лисён» или «Лисун», то есть «лис» в ласкательной форме. В таком случае фамилия могла возникнуть где-то на стыке украинского и южнорусского влияния, где суффикс «-ун» более распространён (например, Лисуненко, Лисунов). Но форма «Лисюнин» с твёрдым «ю» — скорее северного или вятского происхождения.

Географически фамилия Лисюнин редкая. По данным открытых источников, её носители встречаются в основном в Вологодской, Кировской областях и в Пермском крае. Это подтверждает версию о северорусском происхождении: именно на Русском Севере и в Приуралье активно использовались прозвища на «-юн» и фамилии на «-ин».

Таким образом, предок Лисюниных, скорее всего, получил прозвище за свой характер — хитрый, но по-детски непосредственный, — или за внешность (рыжеватый, небольшого роста). Со временем это прозвище закрепилось за его потомками, и фамилия стала наследственной.