Фамилия Лисютин образована от прозвища или имени Лисюта. Эта основа — просторечная, народная форма канонического имени Елисей, которое в переводе с греческого означает «желанный», «чудесный» или «красивый». В русской ономастике такие усеченные варианты, как Лисей, Лисюта, Лисун, возникали в бытовой речи и закреплялись в документах, а затем становились фамилиями.

Суффикс -ин в фамилии Лисютин указывает на типичную восточнославянскую модель принадлежности: «чей?» — сын Лисюты. В говорах суффикс -ут(а) придавал имени оттенок уменьшительности или даже пренебрежительности, поэтому Лисютой могли назвать младшего в семье или человека с заметной чертой характера. Второе возможное объяснение: основа Лис- могла быть связана с прозвищем Лис, данным за хитрость или рыжеватый цвет волос. Однако версия с производным от Елисея выглядит убедительнее, потому что фамилии на -ютин чаще всего восходят к личным именам, а не к названиям животных.

Географически фамилия Лисютин встречается в центральных и южных областях России, особенно в Воронежской, Курской и Белгородской. Носители, скорее всего, происходили из крестьянской или мещанской среды: в документах XVIII–XIX веков такие фамилии нередко фиксировались у однодворцев и государственных крестьян. В писцовых книгах и ревизских сказках можно найти варианты написания Лисютин и Лисютинов, но вторая форма почти исчезла.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Лисюков, Лисюнин, Лисюта — показывает, что все они образованы от одной основы, но разными суффиксами. Лисютин выделяется тем, что его модель с -ин характерна для северных и центральных регионов, тогда как -ов чаще встречается на юге. Это делает фамилию маркером миграции или смешения говоров.

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные формы упоминаются как типичные для народных вариантов крестильных имен, что подтверждает основную версию происхождения. Таким образом, Лисютин — не «лисья» фамилия, а сокращенное от христианского имени Елисей, прошедшее через бытовое переосмысление.