Фамилия Лисюткины образована от имени собственного, и её основа — Лисютка. Это просторечная, народная форма канонического имени Елисей. В переводе с греческого Елисей означает «желанный», «чудесный» или «красивый». Таким образом, в основе фамилии лежит не прозвище, а крестильное имя, которое в быту звучало сокращённо и ласково.

Модель образования здесь типичная для русских фамилий: к основе Лисютка прибавился суффикс -ин. Такие фамилии указывали на принадлежность главе семьи: Лисюткин — значит «сын Лисютки» или «из дома Лисютки». Интересно, что суффикс -ин, в отличие от более массового -ов, чаще встречается в северных и центральных регионах России, а также у фамилий, образованных от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а или -я.

Стоит заметить, что фамилия Лисюткин, при всей ясности корня, не так распространена, как её «старший брат» Лисов или Лисенков. Редкость фамилии может говорить о том, что она бытовала в локальной, замкнутой местности или принадлежала одному роду, не разветвившемуся широко. О точном месте и времени возникновения фамилии Лисюткин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был длительным, а письменные источники по таким «домашним» именам отрывочны. Тем не менее, фамилия Лисюткин — это живой памятник народной речевой культуры, сохранивший звучание уменьшительного имени, которое почти вышло из обихода.