Фамилия Ликсютин — редкий пример того, как народная речь перекроила церковное имя до неузнаваемости. В основе лежит имя Ликсюта, которое, скорее всего, было ласковым или обиходным вариантом одного из трёх крестильных имён: Алексей (греч. «заступник»), Александр («защитник») или Феликс (лат. «счастливый»). В быту эти длинные имена часто сокращали, а потом добавляли уменьшительный суффикс, так что Ликсюта могло появиться из любого из них.

Притяжательный суффикс -ин указывает на прямую принадлежность: Ликсютин буквально значит «сын Ликсюты». В русской ономастике это одна из самых распространённых моделей, но с такой необычной основой она встречается редко. Похожий способ словообразования мы видим в фамилиях Лексин, Алексин или Санькин, но Ликсютин стоит особняком из-за усечения корня.

Точную географию фамилии определить сложно: она не относится к массовым, и носители встречаются рассеянно, без ярко выраженного гнезда в одном регионе. Скорее всего, предки Ликсютиных были крестьянами или посадскими людьми, и фамилия закрепилась за ними в эпоху, когда крестьянство массово получало фамилии на -ин и -ов (XVII–XIX века). Сословных барьеров для такой фамилии не было — её могли носить и крепостные, и вольные люди, если в их роду был Ликсюта.

В современных словарях фамилий (например, у Б. Унбегауна) фамилия не упоминается, что подтверждает её редкость. Для этимолога она интересна как раз тем, что показывает: народная этимология и усечение способны превратить знакомое имя в загадку, которую можно разгадать только через сопоставление с типовыми моделями.