Фамилия Лисюнина — женская форма от Лисюнин, и её происхождение стоит разбирать через мужской вариант. В основе лежит прозвище или неканоническое имя Лисюня. Это уменьшительно-ласкательная форма от «лис» или от имени Лис — древнерусского нецерковного имени, которое давали по внешнему сходству с животным или по хитрости характера. Суффикс -юн(я) в русских прозвищах встречается реже, чем -к(а) или -уш(а), но он характерен для северных и северо-восточных говоров: там охотно образовывали имена вроде Козюня, Медведюня, Зайка. То есть Лисюня — это не просто «лисёнок», а скорее «лисоватый человек», плутоватый или рыжий.

Модель образования фамилии типична для русской ономастики: основа на -я (Лисюня) даёт притяжательное прилагательное с суффиксом -ин: Лисюнин — «сын Лисюни». Это указывает на патронимическое происхождение: предка звали Лисюня, а его потомки записались как Лисюнины. Окончание -а в современной фамилии (Лисюнина) — это женский род, который в быту и документах часто закреплялся за женщинами, но в официальных списках фамилия может склоняться по мужскому варианту.

Интересно, что фамилия Лисюнин (и её женская форма) не имеет широкой географии. По данным переписей и телефонных справочников, она встречается в основном в центральных и северных областях России — в Костромской, Вологодской, Кировской областях. Это косвенно подтверждает связь с диалектным суффиксом -юн, который там был продуктивен. В южных и западных регионах фамилия почти не фиксируется.

Можно провести параллель с однокоренными фамилиями: Лисов, Лисин, Лисёнков. Лисюнин стоит особняком из-за редкого суффикса, который не даёт спутать её с более массовыми вариантами. Если бы предок был просто «лисой», его назвали бы Лисом или Лисицей — а здесь явное уменьшительное прозвище, возможно, для младшего или невысокого ростом человека с лисьими повадками. Споров о происхождении практически нет: все версии сходятся на животном-тотеме или прозвище по характеру, и ни одна из альтернатив (например, от тюркского корня) не подтверждается ареалом бытования.