Фамилия Лякишев происходит от прозвища Лякша. Точное значение этого прозвища определить непросто, но есть две основные версии. Первая связывает его с диалектным словом «лякша» — в костромских говорах так называли одежду, платье. В этом случае прозвище мог получить портной или человек, следивший за нарядами. Вторая версия возводит прозвище к прилагательному «лякий» — «горбатый, сутулый», и тогда Лякшей называли человека с характерной осанкой.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Лякш- добавили суффикс принадлежности -ев (фонетический вариант -ов после шипящих). Получается «Лякишев» — сын или потомок Лякши. Форма с суффиксом -ев, а не -ин, указывает, что основа прозвища оканчивалась на шипящий или мягкий согласный.

Интересно, что фамилия Лякишев встречается в документах не так часто, как многие другие, что может говорить о её локальном происхождении — вероятно, в Костромской или соседних губерниях. Однокоренных фамилий в русском языке немного, что делает её редким памятником местной диалектной лексики.