Фамилия Лякишев образована от прозвища Лякша. Согласно одной версии, в его основу легло диалектное слово «лякша», которое в костромских говорах имеет значение «одежда, платье». Возможно также, что прозвище Лякша восходит к прилагательному «лякий», т.е. «горбатый, сутулый». Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Лякша, со временем получил фамилию Лякишев.