Фамилия Любущенко — характерный пример восточнославянской фамилии, образованной по украинской модели с суффиксом -енко. Этот суффикс в XVI–XVIII веках активно использовался на землях Речи Посполитой (современные Украина, юг Беларуси) для обозначения потомка или принадлежности к роду: буквально «сын такого-то» или «маленький, младший». В основе фамилии лежит имя или прозвище Любуща.

Сама основа Любущ- восходит к древнерусскому корню *люб- (от «любить», «любый» — милый, дорогой). Скорее всего, Любуща — это уменьшительно-ласкательная форма от имени Любомир, Любовь или от прозвища Любый. В старину такие имена были нередки: Любим, Любава, Любша. Формант -ущ- (сравните с Павлуша, Ванюша) придаёт слову оттенок нежности или принадлежности к младшему поколению. Таким образом, исходное Любуща могло значить «маленький любимый» или «сын Люба».

В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые преобладают в великорусских землях, Любущенко почти наверняка имеет украинское происхождение. Географически фамилия чаще всего встречается в центральных и восточных областях Украины, а также в южных регионах России (Кубань, Ростовская область), куда переселялись украинские крестьяне в XVIII–XIX веках. Суффикс -енко указывает на то, что фамилия закрепилась в среде казачества и крестьянства: в реестрах Войска Запорожского и в метрических книгах слобожанских сёл такие фамилии составляли до 60% всех родовых имён.

Интересная деталь: ударение в фамилии может падать как на второй слог (Любу́щенко), так и на третий (Любуще́нко). Второй вариант более характерен для украинского произношения, где ударение часто фиксируется на суффиксе. Первый вариант встречается у носителей, давно живущих в русскоязычной среде, где фамилию адаптировали под привычный ритм.

Других версий происхождения, например от географического названия или от ремесла, для этой фамилии нет — корень однозначно указывает на личное имя или прозвище, а не на топоним или профессию.