Фамилия Любуткина — женская форма, а мужская, Любуткин, образована от прозвища или нецерковного имени Любутка. В основе лежит древнерусский глагол «любити» с уменьшительно-ласкательным суффиксом -утк-, который в фамилиях встречается нечасто. Похожая модель — у фамилий Милуткин (от милый) или Жалуткин (от жалеть). Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Любуткин, то есть сын или потомок Любутки.

Само имя Любутка могло быть домашним, внутрисемейным прозвищем для желанного, любимого ребёнка. В русских говорах слово «любутка» иногда означало «милая, ненаглядная», а в некоторых регионах — «возлюбленная» или даже «невеста». То есть прозвище носило скорее ласкательный, а не ироничный характер, в отличие от многих других «любовных» фамилий (например, Любим или Любава).

Географически фамилия Любуткин встречается в основном в центральных и северных областях России — в Вологодской, Костромской, Кировской областях, а также на Урале. Встречается она нечасто, что говорит о локальном происхождении: скорее всего, один род дал начало всем носителям. В писцовых книгах XVI–XVII веков можно найти похожие прозвища — Любутка, Любута, но фамилия в её современном виде оформилась, вероятно, в XVIII веке, когда крестьянам начали массово давать фамилии по имени отца.

Спорных версий немного. Иногда Любуткина пытаются связать с названием города Любутин (Польша) или с тюркским корнем, но это маловероятно: суффикс -утк- чисто славянский, а география фамилии — исконно русская. Правдоподобнее всего, что предок носителя фамилии был просто «любуткой» — любимым человеком, возможно, младшим сыном или долгожданной дочерью, чьё имя закрепилось за всем родом.