Фамилия Люференко — яркий пример украинской модели образования фамилий на -енко. Этот суффикс, означающий «потомок» или «сын», в XVII–XVIII веках стал главным маркером украинской антропонимии, вытеснив многие старые формы. Носитель фамилии Люференко — буквально «сын Люфера», где Люфер — это, скорее всего, вариант имени или прозвища.

Самая вероятная основа — имя Люфер, которое является просторечной формой от церковного имени Люцифер. В русской и украинской традиции это имя, вопреки современным ассоциациям, не имело однозначно отрицательного значения. Имя Люцифер (от лат. «светоносный») носили раннехристианские святые, например, епископ Люцифер Каларийский (IV век). В народной среде оно сокращалось до Люфер, Люферка, и такие имена фиксируются в документах XVII века, в том числе среди запорожских казаков. Вторая версия — прозвище Люфер от диалектного глагола «люферить» (в некоторых говорах — «хитрить», «изворачиваться»). Однако эта версия менее распространена: фамилии на -енко редко образуются от глагольных основ, чаще — от личных имен или прозвищ-существительных.

Географически фамилия Люференко тяготеет к левобережной Украине — Черниговской, Полтавской, Сумской областям. В XIX веке она встречалась в метрических книгах казацких и мещанских сословий. Среди носителей не было известных дворянских родов — это фамилия простых людей: ремесленников, крестьян, мелких торговцев. Редкость фамилии объясняется тем, что имя Люфер за пределами Украины почти не употреблялось, а в самой Украине к концу XIX века оно вышло из обихода, закрепившись только в фамилиях. Таким образом, Люференко — архаичная украинская фамилия, сохранившая в своей основе редкое каноническое имя с неожиданной историей.