Фамилия Люфутина — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Первое, что бросается в глаза, — необычное сочетание звуков, которое не похоже на типичные славянские корни. Скорее всего, перед нами пример фамилии, образованной от прозвища или имени, которое в русский язык попало из другого языка.

Самая вероятная версия связывает основу «Люфут» с немецким или голландским словом, обозначающим воздух, ветер или связанное с ним понятие (нем. Luft — воздух). В таком случае прозвище Люфут мог получить человек с лёгким, ветреным характером, либо, что встречалось чаще, мастер, чья работа была связана с воздухом — например, мельник, работающий с ветряной мельницей, или стеклодув. В ремесленной среде прозвища нередко давались по инструменту или материалу, и «воздух» мог стать метафорой для профессии.

Менее распространённая, но не исключённая версия — происхождение от тюркского корня. В языках тюркской группы есть слово «люфт» (или близкие по звучанию), означающее «грязь» или «тина». В этом случае прозвище могло относиться к человеку, жившему у болотистой местности, или же носило ироничный, подчёркнуто бытовой характер. Однако такая трактовка менее вероятна, так как фамилия встречается в центральных и северных регионах России, где немецкое влияние (через мастеров-иностранцев) было исторически сильнее.

Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: Люфутина — это «дочь Люфута» или «жена Люфута». Такая модель образования типична для русских фамилий, возникших в среде крестьян и посадских людей. В отличие от дворянских фамилий на «-ский», «-ин» закреплялся за прозвищами отца и не менялся при смене места жительства.

Поскольку фамилия крайне редкая, её география узка. Основные носители встречаются в Вологодской и Архангельской областях, а также на Урале — в регионах, куда в XVII–XVIII веках ссылали или приглашали на работы иностранных специалистов (особенно горных и металлургических). Возможно, предок Люфутиных был пришлым мастером, чьё прозвище «перевели» на русский лад, добавив суффикс.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Люфт, Люфтов, Люфтин) показывает, что все они крайне немногочисленны и не имеют устойчивой этимологии в словарях. Это говорит о том, что фамилия не прошла через массовую запись в метрических книгах, а осталась локальным, семейным именованием, которое не «размножилось» по стране.