Фамилия Мачернис звучит не по-русски, и это первое, что бросается в глаза. В ней нет привычных славянских суффиксов -ов, -ин или -ский. Основа «Мачерн-» и окончание «-ис» выдают в ней фамилию литовского или жемайтского происхождения.

Скорее всего, перед нами литовская фамилия, записанная в русской транскрипции. В Литве она могла выглядеть как Мачернис, Mačernis или Mačernys. Корень «Mačer-» восходит к литовскому слову mãčerė, что означает «мачеха». Таким образом, фамилия Мачернис — это прозвище, которое дали человеку, жившему с мачехой, или, возможно, самому приемному ребенку. В литовской антропонимике такие «родственные» прозвища были распространены: они указывали на семейное положение человека или обстоятельства его рождения.

Суффикс «-ис» (-is) — типичное литовское окончание, указывающее на мужской род в именительном падеже. Встречаются и варианты с окончанием «-ус» или «-ас». Поэтому фамилия Мачернис — это не переделанная на русский лад фамилия, а прямая запись литовской формы.

Географически фамилия привязана к территории бывшего Великого княжества Литовского. Носители могли жить на территории современной Литвы, а также в приграничных районах Беларуси, Польши или Калининградской области. В Россию фамилия попала, скорее всего, в XIX–XX веках с миграцией литовцев или белорусов.

Правописание «Мачернис» с мягким знаком в конце — это русская адаптация. В литовском языке твердое окончание «-is» читается как нечто среднее между «ис» и «иш». На письме в русских документах его часто писали на слух, отсюда и вариант с «-ис».

Корень у фамилии тот же, что и у литовской фамилии Мачернене (замужняя женщина) или Мачернайте (девичья). Встречается и польская переделка — Мачерняк. Но форма Мачернис — самая архаичная и прямая.