Фамилия Мачкинис — редкий для русского уха пример литовской модели образования фамилий. В отличие от славянских фамилий на -ов/-ев или -ин, литовские фамилии часто оканчиваются на -ис, -ас, -ус, -а, и -ис — один из самых распространённых суффиксов, указывающих на мужской род. Мачкинис — это типичная литовская фамилия, которая в исходной форме звучит как Mačkynis или Mačkinis. На русскую почву она попала, скорее всего, через письменную фиксацию в документах Российской империи, где литовские окончания нередко русифицировали, но суффикс -ис сохраняли.

Основа фамилии — Мачкин- — восходит к литовскому слову mačka, что значит «кошка». В литовской ономастике прозвища, образованные от названий животных, встречаются часто, но не всегда указывают на внешность. Mačka могло быть прозвищем ловкого, хитрого или независимого человека, а также относиться к человеку с кошачьими повадками. Второй вариант: основа могла произойти от личного имени Motiejus (Матвей), которое в уменьшительной форме давало Mačkus, Mačkis. Тогда Мачкинис — это патроним: «сын Мачкаса» или «потомок Мачкиса». Обе версии правдоподобны, но первая (от «кошки») более прямая и распространена среди литовских прозвищных фамилий.

С географической точки зрения фамилия Мачкинис тяготеет к северо-востоку Литвы, особенно к Аукштайтии, где суффикс -inis встречается чаще, чем в Жемайтии. Встречаются носители и в соседней Латгалии (восточная Латвия), где исторически жили литовцы. В России фамилия редкая и, как правило, принадлежит потомкам литовских переселенцев XIX — начала XX века, которые оседали в Сибири, на Урале или в Центральной России.

Интересная деталь: в литовском языке ударение в фамилиях этого типа может падать на первый или второй слог, и это меняет значение. Mačkynis с ударением на «ы» — более архаичная форма, указывающая на принадлежность к роду, а Mačkinis с ударением на «и» — более современная. В русском произношении фамилия часто теряет это различие, и её пишут как Мачкинис с ударением на первый слог.

Таким образом, предки человека с фамилией Мачкинис — скорее всего, литовские крестьяне или ремесленники, получившие прозвище от кошки или от имени Матвей. Фамилия не дворянская, не купеческая — она из народной среды, где прозвище закреплялось за родом и передавалось по мужской линии.