Фамилия Мачулайтис — характерный пример литовской модели фамилий с суффиксом -айтис (-aitis). Этот суффикс в литовской антропонимии указывает на происхождение от отца (патроним) и буквально означает «сын такого-то». То есть Мачулайтис — это «сын Мачуласа» или «сын Мачюлиса». В русском языке такие фамилии часто получали окончание по образцу других литовских заимствований, сохраняя узнаваемую основу.

Корень фамилии — личное имя или прозвище Мачулас (Machulas) либо Мачюлис (Mačiulis). Оно, в свою очередь, восходит к литовскому слову mačas — «маленький, коротышка». Или к глаголu mačioti — «мельтешить, суетиться, делать что-то мелко и часто». Таким образом, прозвище могло относиться к человеку невысокого роста или, наоборот, к непоседливому, суетливому. Вполне возможно и происхождение от христианского имени Матвей (лит. Motiejus) через народную форму Мачюс — тогда Мачулайтис стал бы патронимом от уменьшительной версии этого имени.

Фамилия почти наверняка сформировалась в XIX веке, когда в литовских губерниях Российской империи массово закреплялись фамилии по патронимическому принципу. Мачулайтисы — это не дворянский род, а крестьянские или мещанские семьи. Суффикс -айтис типичен для западной и центральной Литвы (Жемайтия, Аукштайтия), но встречается и у литовцев, переселившихся в Восточную Пруссию.

В современной Литве фамилия Machulaitis или Mačulaitis нередка, а её русское написание «Мачулайтис» закрепилось при записи в паспорта в советское время, когда литовские окончания передавали по-русски близко к оригиналу. Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Мачюлис, Мачулас, Матулайтис — все они восходят к тому же кругу значений, связанных с уменьшительностью или суетой.