Фамилия Мадаганова — женская форма фамилии Мадаганов, и её происхождение уводит нас в географию, а не в прозвище или ремесло. Основа — «Мадаган» — скорее всего, этноним или топоним, а не личное имя. Разберёмся с суффиксом: -ов образует фамилии от основ, оканчивающихся на твёрдый согласный, что типично для русской модели, но сама основа явно нерусская. Наиболее вероятная версия — связь с монгольским или бурятским словом «мадаг» (ядовитый, злой) или «мадагана» (вид растения, в некоторых диалектах — полынь). В таком случае фамилия могла означать «сын того, кого прозвали Мадаганом» — человека с резким, колким характером, как горькая трава, или же того, кто жил в местности, где росла эта трава.

Есть и другая, более конкретная гипотеза: фамилия могла возникнуть от названия населённого пункта. В Забайкалье, в Агинском Бурятском округе, есть урочище Мадаган — место с солончаками и скудной растительностью. Переселенцы или буряты, взявшие фамилию по месту жительства, могли стать Мадагановыми. В пользу этой версии говорит и то, что фамилия распространена именно в Восточной Сибири, у бурят и русских, долго живших по соседству. Ономастические работы по сибирским фамилиям (например, исследования В. А. Никонова) часто отмечают такие топонимические заимствования.

Словообразовательная модель простая: к основе «Мадаган» добавили русский патронимический суффикс -ов, а затем для женской формы — окончание -а. Это типичный случай, когда фамилия, закрепившись за родом, не меняла корня, но адаптировалась к русской грамматике. Редкость фамилии (встречается в основном в Забайкалье, Бурятии и у потомков сибирских казаков) говорит о том, что её носители — потомки относительно небольшой группы людей, возможно, одного рода или выходцев из одного селения. Споров о происхождении почти нет: слабая версия с тюркским «мадак» (мудрый) маловероятна, так как в сибирских памятниках такой корень не зафиксирован. Кем были предки — скорее всего, крестьяне или казаки, осваивавшие забайкальские степи, либо бурятские скотоводы, перешедшие на русскую фамильную систему в XVIII–XIX веках.