Фамилия Мадиханова — женская форма фамилии Мадиханов, и её происхождение почти наверняка связано с тюркскими языками, в первую очередь с казахским или татарским. Основа «Мади» — это краткая форма от арабского имени Мадияр или Мадихан (Мади + хан). В арабском корне «мадд» означает «восхваление», «славословие», а имя Мадихан можно перевести как «восхваляющий хана» или «хан, достойный хвалы». Вторая часть «-хан» — титул, широко распространённый в именах у тюркских народов, указывающий на знатность или высокое положение.

Суффикс «-ов» (в женском варианте «-ова») — классический русский патронимический формант, который в XIX–XX веках массово добавляли к тюркским фамилиям при русификации. Таким образом, Мадиханов — это буквально «сын Мадихана». Встречается фамилия преимущественно у казахов, татар, башкир, а также у народов Северного Кавказа, где тюркские имена смешивались с местными традициями.

Интересная деталь: в отличие от многих фамилий с прозрачной географией, Мадиханова не имеет ярко выраженного «гнезда» в одном регионе России. Носители рассеяны от Поволжья до Сибири, что говорит о сравнительно позднем закреплении фамилии — скорее всего, в советское время, когда паспортизация окончательно зафиксировала её в документах. В дореволюционных списках она почти не встречается, что типично для фамилий, образованных от мусульманских имён в среде кочевых или полукочевых народов.

Если сравнивать с однокоренными вариантами, то Мадиханов стоит рядом с фамилиями Мадияров, Мадиев, Мадинов. Все они восходят к одному имени Мади, но различаются вторым компонентом: «-яр» (друг, возлюбленный), «-ев» (чистый патроним без титула). Мадиханов же подчёркивает именно «ханский» статус — возможно, предок был не просто носителем имени, а реально принадлежал к родовой знати или носил прозвище Мадихан за властный характер.

Версия о происхождении от русского прозвища Мадиха (например, от слова «мадьяр» — венгр) маловероятна: для такой этимологии нет ни исторических оснований, ни массовых примеров в ономастике. Спорных гипотез здесь нет — всё укладывается в стандартную модель тюркско-русского словообразования.