Фамилия Мадюшина — редкий пример, где основа, скорее всего, связана не с именем, а с прозвищем, имеющим диалектное происхождение. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Мадюшина — «дочь (или жена) Мадюши». Мужской вариант фамилии — Мадюшин.

Корень «мад-» в русских говорах неоднозначен. Самая вероятная версия отсылает к слову «мадья» — так в некоторых северных и сибирских говорах называли неряху, замарашку или неопрятного человека. В этом случае прозвище Мадюша дали человеку небрежного вида. Вторая версия, менее распространённая, связывает фамилию с диалектным «мадный» — то есть «медленный», «копуша». Прозвище могло закрепиться за флегматичным или неторопливым человеком.

Интересно, что фамилия Мадюшин встречается в основном на северо-востоке европейской части России — в Вологодской, Кировской областях, а также в Пермском крае. Это совпадает с ареалом бытования слова «мадья» в значении «грязнуля». В центральных и южных регионах фамилия почти не фиксируется, что подкрепляет версию о её северном диалектном корне.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Мадеев, Мадюков) показывает, что все они образованы от вариантов одного и того же прозвища с разными суффиксами. Суффикс -ин в данном случае типичен для фамилий, произошедших от слов женского рода (Мадюша — лицо женского пола в прозвище могло быть уничижительным), хотя носителями прозвища были и мужчины. Таким образом, предок носительницы фамилии Мадюшина — человек, получивший уличное прозвище за особенности характера или внешности, и это прозвище закрепилось за его потомками в северорусской среде.