Фамилия Мафееня — один из тех случаев, когда внешне простая основа таит в себе загадку. На первый взгляд, перед нами типичная фамилия с суффиксом -еня, который в восточнославянской ономастике обычно указывает на «чей-то»: чей сын, чей человек. Но вот корень «Маф-» неожиданно редок.

Самый вероятный путь — фамилия образована от личного имени Мафей, народной формы крестильного имени Матфей (в переводе с древнееврейского — «дар Яхве», «дарованный Богом»). В белорусском и украинском говорах имя Матфей нередко упрощалось до Мафей, а уменьшительная форма Мафееня означала бы «маленький Мафей» или «сын Мафея». Суффикс -еня характерен именно для западной части славянского мира: в Беларуси и на западе Украины такие фамилии встречаются чаще, чем в России.

Есть и более редкая, но правдоподобная версия. Фамилия могла возникнуть от прозвища Мафея, связанного с диалектным глаголом «мафенить» — так в некоторых псковских и смоленских говорах называли медлительного, нерасторопного человека, того, кто «мается», возится. Тогда Мафееня — это потомок человека с таким прозвищем. Эта версия объясняет, почему фамилия не получила широкого распространения: прозвище было локальным и не слишком лестным.

В любом случае, географически фамилия Мафееня тяготеет к западу и северо-западу. В дореволюционных метрических книгах она встречается преимущественно в Могилёвской, Витебской и Смоленской губерниях. Сословного барьера у неё не было: носителями могли быть и крестьяне, и мещане. Поскольку фамилия не знатная и не дворянская, её история — это история простых людей, чьё имя или прозвище закрепилось за родом.