Фамилия Мафлянова — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет привычных суффиксов -ов/-ев или -ин, что сразу указывает на её вероятную тюркскую или финно-угорскую основу. Если бы фамилия была русской по происхождению, она звучала бы как Мафлянов или Мафлин. Форма на -а характерна для фамилий, которые возникли из тюркских языков, где женский род мог закрепляться в документах (например, у татар, башкир или чувашей), либо для фамилий, записанных по материнской линии.

Основа «Мафлян» не имеет прямого аналога в русском языке. Скорее всего, она восходит к тюркскому личному имени или прозвищу. Например, в татарском и башкирском языках есть корень «маф» или «мафля», который может быть связан с арабским словом «мафлум» (известный, понятный) или с диалектным вариантом имени Мавлян (от арабского «мауля» — господин, покровитель). В этом случае фамилия Мафлянова могла означать «принадлежащая потомкам человека по имени Мафлян» или «дочь/жена Мафляна».

Также нельзя исключать и более редкую версию — происхождение от финно-угорского корня, например, от марийского или удмуртского слова, обозначающего род занятий или место. В таком случае фамилия могла быть записана в русских переписных книгах как адаптация местного прозвища, но эта гипотеза менее подтверждена.

Географически фамилия Мафлянова встречается в основном в Поволжье и на Урале — в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской области. Это совпадает с зоной расселения тюркских народов, где фамилии на -а не редкость. Социально предки носителей фамилии могли быть крестьянами или ремесленниками, но точных данных о сословной принадлежности нет. Фамилия не фиксируется в дворянских родословных книгах, что указывает на её простонародное происхождение.

Таким образом, наиболее вероятное объяснение: Мафлянова — это тюркская по корню фамилия, образованная от личного имени Мафлян (вариант Мавлян) с помощью русского суффикса принадлежности, но оформленная в женском роде из-за особенностей записи в метриках.