Фамилия Магожендаев — редкий случай, когда основа прозрачна, а её происхождение указывает на чёткую географическую и этническую привязку. В её основе лежит имя Магоженда, которое представляет собой сложносоставное адыгское (черкесское) мужское имя. Первая часть, «Маго», восходит к адыгскому «мэгу» (мед) или к имени Магомед (адаптированная форма Мухаммеда), в зависимости от диалекта и времени. Вторая часть, «женда», — это вариант адыгского «жан» (острый, смелый) или «жэнда» (смельчак, храбрец). Таким образом, имя Магоженда в целом можно истолковать как «медовый храбрец» или, если первая часть от Магомед, — «смелый, как Магомед». Оба варианта характерны для адыгской антропонимии, где имена нередко склеивали из двух корней с пожелательным смыслом.

Фамильный суффикс «-ев» (а не «-ов») указывает на русскую или русифицированную форму, которая закрепилась за носителями в документах XIX–XX веков. В адыгской среде фамилии часто образовывали без суффиксов, просто называя род по имени предка (например, Магоженда — это и имя, и родовое название). Но при записи в метрические книги или паспорта, особенно в советское время, к основе добавляли русское окончание «-ев», чтобы вписать фамилию в стандартную модель. Поэтому Магожендаев — это не исконно русская фамилия, а адаптированная адыгская (черкесская или кабардинская). Носители её, скорее всего, происходят из районов Кабардино-Балкарии, Адыгеи или Карачаево-Черкесии, где распространены подобные составные имена.

Словообразовательная модель здесь проста: корень (личное имя) + суффикс принадлежности «-ев», означающий «сын (или потомок) такого-то». Фамилия не имеет отношения к русским прозвищам или ремёслам. Она целиком восходит к доисламскому и раннеисламскому пласту адыгской ономастики, где ценились качества воина и благородство. Встречаются варианты написания с одной «д» (Магоженаев) или с ударением на последний слог, но форма «Магожендаев» — самая частая в официальных документах.

С точки зрения социального контекста, предки носителей этой фамилии были, вероятно, узденями (свободными общинниками) или дворянами в адыгском обществе, поскольку сложные имена с корнем «жан» (смелый) давали в семьях, где ценили воинскую доблесть. Никаких известных исторических личностей с этой фамилией в общероссийском масштабе нет — она остаётся локальной, что делает её особенно ценной как маркер родовой памяти конкретной адыгской семьи.