Фамилия Магрела — редкий случай, когда географическое название стало родовым именем почти без изменений. В её основе лежит этноним «магрел» — так в русской традиции XIX века называли мегрелов, субэтнос грузинского народа, живущий на западе Грузии, в регионе Самегрело. Фамилия могла возникнуть как прозвище приезжего: человека, который перебрался из Мегрелии в другую местность, на русском или украинском языке прозвали «магрелой», а его потомки унаследовали это имя в форме фамилии.

Обращает на себя внимание отсутствие типичных русских суффиксов — -ов, -ев, -ин, -ский. В русском ономастиконе фамилии, полностью совпадающие с этнонимом, встречаются редко и обычно указывают на позднее закрепление, когда прозвище не успело обрасти суффиксом. Чаще всего такие фамилии фиксировались на юге России, в казачьих областях и на Кубани, куда в разное время переселялись выходцы с Кавказа. Магрела могла появиться и в среде грузинского дворянства, которое иногда русифицировало фамилии, отбрасывая окончание -швили или -дзе, но в таком случае форма была бы Магрелов или Магрелидзе.

Менее вероятна, но возможна связь с итальянским топонимом Магрела (Magrela) или с греческим словом μαγρέλα (торговка), однако для носителей русских фамилий эти версии экзотичны. В словарях Б. Унбегауна и В. Никонова фамилия не упоминается, что подтверждает её малую распространённость: она осталась на уровне локального прозвища, которое не дало массовых ответвлений. Предки человека с фамилией Магрела почти наверняка были выходцами из Западной Грузии, обосновавшимися в русскоязычной среде, или их прозвали так за внешность, говор или манеры, напоминавшие мегрелов.