Фамилия Магытан — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В русской ономастике нет ни одного распространённого корня, который бы дал такую основу. Скорее всего, перед нами не славянская, а тюркская или монгольская фамилия, которая попала в русский обиход через взаимодействие народов Сибири, Поволжья или Дальнего Востока.

Разберём возможное словообразовательное зерно. Основа «Магытан» может восходить к тюркскому слову магытай или магыт — в некоторых тюркских диалектах это означает «сильный», «могучий», «богатырь». В таком случае фамилия образована по модели, характерной для народов, где личное имя или прозвище становилось родовым именем без добавления русских суффиксов (-ов, -ин). Встречаются фамилии и без окончаний, особенно у сибирских татар, башкир, якутов или бурят. Суффикс «-ан» в тюркских языках часто указывает на принадлежность или увеличение: «Магытан» можно прочитать как «принадлежащий Магыту» или «сын Магыта».

Вторая версия, менее вероятная, но возможная: фамилия могла возникнуть как искажённое русскими писарями местное название или прозвище. Например, в некоторых говорах русского Севера встречается слово «магыта» — так могли называть нерасторопного или вялого человека. Но это скорее случайное созвучие, так как географически фамилия Магытан чаще фиксируется в азиатской части России, а не в исконно русских областях.

География бытования фамилии узкая. По данным открытых источников, носители фамилии Магытан встречаются в Республике Саха (Якутия) и в Красноярском крае. Это укрепляет версию о тюрко-монгольском происхождении. Предки современных Магытанов могли быть скотоводами, охотниками или воинами — прозвище «богатырь» или «силач» как раз могло закрепиться за основателем рода.

Фамилия не получила широкого распространения и не попала в классические словари русских фамилий (Унбегауна, Никонова). Это говорит о том, что она осталась локальной, не ассимилировалась в общерусскую массу. Для носителя фамилии Магытан это означает, что его родословная, скорее всего, уходит корнями в сибирские народы, а не в центральную Россию.