Фамилия Магзянова — редкий случай в русском ономастиконе. Она образована от тюркского мужского имени Магзян (варианты: Магзум, Магсум), которое восходит к арабскому корню со значением «защищённый», «ограждённый от греха». В исламской традиции это имя давали с пожеланием ребёнку праведной жизни, под покровительством высших сил. Форма на -ова — классический русский патронимический суффикс, указывающий на принадлежность: «дочь (или жена) Магзяна». Если фамилия принадлежит мужчине, то пишется Магзянов.

География фамилии узкая. Основной ареал — Татарстан и Башкортостан, реже встречается у татар и башкир в Челябинской и Оренбургской областях. Это объяснимо: имя Магзян распространено именно в тюрко-мусульманской среде Поволжья и Приуралья. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках фамилия почти не фиксируется — её массовое появление приходится на советский период, когда паспортизация закрепила за потомками Магзяновых единое написание.

Словообразовательный разбор прост: корень Магзян- (личное имя) плюс суффикс -ов- (вариант -ова для женщин). Ударение, скорее всего, на втором слоге: Магзя́нова, хотя в устной речи встречаются колебания. Редкость фамилии делает её хорошим маркером: носители почти наверняка имеют татарские или башкирские корни, а предки исповедовали ислам.

Сравните с однокоренными Магзумов, Магсумов — все они образованы от вариантов того же арабского корня, но с разными огласовками. Фамилия Магзянова стоит особняком: она сохранила более архаичную, диалектную форму имени, что говорит о её связи с конкретной локальной традицией именования, возможно, в западных районах Башкортостана.