Фамилия Магзянов — редкий случай в русском ономастиконе, где тюркское имя столкнулось с русским патронимическим суффиксом. Основа здесь — мужское имя Магзян, которое восходит к арабскому «магз» (смысл, суть) или к тюркскому «магзан» (кладовая, хранилище). В татарской и башкирской среде имя нередко трактовали как «обладающий глубоким смыслом» или «хранящий знание». Суффикс -ов указывает на русскую модель образования фамилий: «чей?» — Магзянов, то есть сын Магзяна.

Географически фамилия тяготеет к Волго-Уральскому региону — Татарстану, Башкортостану, Оренбургской области. Встречается она и у татар, и у башкир, и у мишарей. В метрических книгах XIX века Магзяновы чаще всего записаны как государственные крестьяне или тептяри — сословие, платившее подати, но не приписанное к общине. Это говорит о том, что предки носителя фамилии, скорее всего, были земледельцами или скотоводами, а не военными или купцами.

Необычность фамилии в том, что она не даёт однозначной прозрачной этимологии на русском языке. Если бы основа была «Магзи» или «Магза», суффикс мог бы быть -ин, но -ов указывает на полную форму имени. В татарском языке имя Магзян иногда писали как «Мәгъзән», что при адаптации в русских документах давало варианты Магзянов, Магзенов, Магзинов. Самый частый и устоявшийся — именно Магзянов.

В советское время фамилия не подверглась русификации — её не переделывали в Магзинов или Магзов, что говорит о сохранении этнической идентичности среди носителей. Сегодня Магзяновы живут не только в Поволжье, но и в Москве, Санкт-Петербурге, Западной Сибири, куда переехали в ходе индустриализации XX века.