Фамилия Макашенец — редкий пример, когда географическая привязка к конкретному месту объясняет её происхождение убедительнее, чем связь с личным именем. Основа фамилии — название волости Макашени, которая входила в Режицкий уезд Витебской губернии (историческая территория современной Латвии). Житель этой волости или выходец из неё получал прозвище Макашенец, которое затем закрепилось как фамилия.

Менее вероятная, но возможная версия ведёт к уменьшительной форме крестильного имени Макарий. В переводе с греческого «макариос» означает «счастливый». В народной речи имя сокращалось до Макаш, и от этой формы через суффикс -енец могла возникнуть фамилия. Однако суффикс -енец в русских фамилиях чаще указывает на принадлежность к определённой местности (ср. Могилевец, Витебец, Полтавец), чем на отчество. Поэтому версия с волостью Макашени выглядит предпочтительнее.

Сама модель образования — основа (топоним или прозвище) плюс суффикс -енец — в XIX веке была типична для западнорусских и белорусских земель, входивших в состав Российской империи. Фамилия Макашенец могла закрепиться за крестьянами или мещанами, переселившимися из Витебской губернии в другие регионы. В современных справочниках фамилия встречается редко, что подтверждает её узколокальное происхождение.