Фамилия Макошенец — один из тех редких случаев, когда корень слова отсылает напрямую к славянской мифологии, а не к крестильному имени или профессии. Основа здесь — Макошь (или Мокошь), имя древней восточнославянской богини, покровительницы женского рукоделия, прядения, судьбы и плодородия. Суффикс -енец указывает на принадлежность к месту или общности: так образовывали прозвища жителей определённой местности (ср. витебчанец, полтавец). Скорее всего, Макошенцем называли уроженца или жителя села, деревни или урочища, носившего название Макошино, Макошево или похожее. Такие топонимы встречаются в разных регионах бывшей Киевской Руси — от Украины до западных областей России — и, как правило, связаны с древними языческими капищами или священными рощами, посвящёнными богине.

Модель образования фамилии — типично западнорусская и украинская: основа + суффийкс -енец. В отличие от распространённых -ов/-ев, этот патронимический или топонимический суффикс встречается реже и выдаёт в носителе фамилии человека из среды, где было принято называть по месту жительства, а не по отцу. Первым Макошенцем могли прозвать крестьянина, переехавшего из села с «языческим» названием в другое место — так за ним закреплялось указание «откуда родом». Альтернативная версия, менее вероятная, — что прозвище Макошенец получил потомственный ткач или прядильщик, ремесло которого ассоциировали с богиней, но для такой гипотезы нет прямых лингвистических параллелей в других ремесленных фамилиях.

В документах фамилия встречается крайне редко. Основной ареал её бытования — южные и центральные области Украины, а также среди потомков переселенцев на Кубани и в Ставрополье. В дореволюционных ревизских сказках и метрических книгах она почти не фиксируется, что может говорить о её позднем закреплении в качестве наследственной — возможно, в XIX веке, когда безфамильные крестьяне получали прозвища при переписях. Сословно предки Макошенцев, скорее всего, были государственными или помещичьими крестьянами: фамилия не содержит дворянских формантов (-ский, -ич) и не встречается в родословных книгах.

Редкость фамилии делает её ценной для генеалогического поиска: если вы носите её, то, вероятно, происходите из очень узкого круга семей, связанных общим предком, жившим в конкретной местности. Поиск стоит начинать с карт XIX века, ища селения с корнем «Макош-» на территории современной Украины или Черноземья.