Фамилия Макошенко звучит как типичная украинская, и это первое, что бросается в глаза: суффикс -енко указывает на происхождение с территории современной Украины. В XVI–XVII веках такие фамилии закреплялись за казаками и крестьянами, обозначая сына или потомка человека, чьё имя или прозвище легло в основу. В данном случае основа — «Макош» или «Макоша».

Корень здесь спорный, и это тот случай, когда стоит рассмотреть две версии, не притягивая лишнего. Первая и самая вероятная — от мужского имени или прозвища Макош. В украинской ономастике известно имя Макар (от греческого «макариос» — блаженный), его народные формы — Макош, Макуш. Тогда Макошенко — буквально «сын Макоша», то есть потомок Макара. Такое стяжение имени в прозвище — обычное дело для украинских фамилий: сравните Тимошенко от Тимофей, Даниленко от Даниил.

Вторая версия менее распространённая, но её упоминают в контексте диалектов: «макош» или «макоша» в некоторых говорах означало неуклюжего, мешковатого человека. Слово могло быть связано с глаголом «макошиться» — возиться, копаться. Если так, то фамилия пошла от прозвища, данного за медлительность или неловкость. Однако для украинской традиции апелляция к личному имени остаётся более типичной: фамилий на -енко от прозвищ меньше, чем от имён.

Географически Макошенко — фамилия западно- и центральноукраинская. По данным современных справочников, её чаще всего встречали в Черкасской, Полтавской и Харьковской областях. В России она редка и, скорее всего, попала туда с переселенцами в XIX–XX веках. В списках запорожских казаков или реестрах Войска Запорожского XVII века такая фамилия не зафиксирована, но это не значит, что её не было — просто она могла остаться в локальных метриках.

Интересная деталь: ударение в фамилии плавает. В украинском языке оно обычно падает на второй слог — Мако́шенко, а в русскоязычной среде часто смещается на первый — Ма́кошенко. Это не ошибка, а следствие адаптации к другой фонетике. Если ваш предок носил эту фамилию, скорее всего, он был из крестьян или казаков, а его имя в основе — народный вариант христианского Макара.