Фамилия Макошина — женская форма, а её мужской вариант, Макошин, встречается реже, потому что в основе лежит нестандартная модель. В русской ономастике фамилии на -ин обычно образуются от основ, оканчивающихся на -а/-я: Иванов сын → Иванин, Кузьмин. Здесь же корень «Макош-», и суффикс -ин присоединён напрямую, без промежуточного отчества. Это указывает, что прозвище или имя предка звучало как Макоша.

Самая сильная версия — связь с именем древнеславянской богини Макоши (Мокоши), единственного женского божества в пантеоне князя Владимира. Макошь считалась покровительницей женских ремёсел, прядения, судьбы и плодородия. Имя было не табуированным, но редким в быту — скорее всего, его давали как охранительное, чтобы уберечь ребёнка от злых сил, или как прозвище женщине, которая занималась ткачеством и гаданием. От такого прозвища и пошла фамилия: «сын (или дочь) Макоши» — Макошин.

Словообразовательно фамилия стоит особняком. Если бы основой было имя Макар или Макарий, ожидалась бы форма Макаров или Макашин. Макошин — не вариант крестильного имени, а прямое указание на языческое наследие, что делает её одной из немногих «дохристианских» фамилий, сохранивших память о славянском пантеоне. Встречается она преимущественно в центральных и северных регионах России, где культ Макоши был особенно устойчив, — в Вологодской, Костромской, Ярославской областях.

Второстепенная гипотеза, менее правдоподобная, — связь с диалектным словом «макошь» в значении «неповоротливый, мешковатый человек» или «растрёпа». Но это позднее переосмысление: божество не стало бы бытовым ругательством без промежуточных этапов. Поэтому основная версия — мифологическая, и она же самая обоснованная.