Фамилия Макошко — редкий пример, в котором славянская языческая древность и живое слово восточноевропейских говоров сошлись в одной точке. Её носитель почти наверняка имеет предков из Беларуси или западных областей Украины: суффикс -ко типичен для фамилий, образованных в белорусской и украинской среде, причём чаще всего — от прозвищ или имён, оканчивавшихся на гласный.

Основа фамилии — Макош. Здесь сразу возникает два объяснения, и оба имеют право на существование. Первое, самое яркое: имя Макошь (Мокошь) — единственное женское божество в пантеоне восточных славян, покровительница прядения, судьбы и плодородия. Если предок носил прозвище Макош, это могло указывать либо на его занятие (ткач, прядильщик), либо на внешнюю или поведенческую особенность, которую окружающие связывали с образом этой богини. Второе, более бытовое: в белорусских и украинских говорах «макош» или «макоша» могли называть неуклюжего, медлительного человека, а также того, кто делал всё «на макаш» — кое-как, наспех. Встречается и глагол «макошити» — месить, мять, пачкать, так что прозвище могло относиться к грязнуле или работнику, занятому вязкой, глиной, тестом.

Суффикс -ко в фамилии Макошко выполняет роль уменьшительного или патронимического показателя: «сын Макоша» или просто «маленький Макош». В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, украинско-белорусские модели на -ко часто не застывали в форме родительного падежа, а сохраняли исходное значение принадлежности. По сословному составу носители фамилии Макошко, скорее всего, были крестьянами или мещанами — в дворянские родословные книги такие прозвищные фамилии попадали редко.

Исторически фамилия встречается в метрических книгах Гродненской, Виленской и Минской губерний, а также в Волынской области. Написание неизменно: через «о» во втором слоге, хотя в устной речи возможна путаница с «Макашко» (от имени Макар). Если ваш предок — Макошко, то с высокой вероятностью он происходил из западнорусских земель, где языческое имя богини дожило в прозвищах до XIX века, а потом перешло в фамилию.