Фамилия Макейкова — женская форма, а её мужской вариант — Макейков. В основе, скорее всего, лежит имя или прозвище Макей. Это усечённая форма от канонического имени Макарий (греч. makarios — «блаженный», «счастливый»). В русской народной традиции такие сокращения были обычны: из Макария делали Мака, а из Мака — Макей. Получается, что фамилия Макейкова означает «дочь (или жена) Макея».

Суффикс -ов- указывает на типичную русскую модель образования от отчества или прозвища. В данном случае — от основы Макей. Редкость фамилии в том, что она сохранила нестандартное «й» перед суффиксом: обычно подобные основы (Макей, Андрей) давали фамилии Макеев, Андреев. Форма Макейков встречается реже, она словно «законсервировала» полную основу прозвища без стяжения. Это может говорить о том, что фамилия закрепилась в местности, где говорили именно «Макей», а не «Макей» с последующим выпадением звука.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и центральным областям. Встречается в Курской, Белгородской, Воронежской губерниях, а также в Поволжье. В дореволюционных документах иногда путали написания: Макейков и Макеев, но первая форма более устойчива.

Исходное прозвище Макей могло принадлежать человеку, которого в быту называли уменьшительно от церковного имени. В крестьянской среде, где Макарий было распространено, Макей звучало привычно и не несло дополнительной характеристики. Следовательно, предок носителя фамилии Макейков — скорее всего, простой крестьянин или посадский человек, чьё отчество закрепилось за потомками в неизменном виде.