Фамилия Макейкина — женская форма фамилии Макейкин, и её ключ к разгадке лежит в просторечной форме крестильного имени. Основа здесь — Макарий (от греческого «макариос» — блаженный, счастливый). В народной среде это имя упрощали до Мака, Макай, Макей. От последнего варианта и пошла фамилия: сначала Макей (прозвище или неканоническая форма имени), затем Макейка (с уменьшительным суффиксом -к-), и наконец — Макейкин («чей?» — сын или дочь Макейки).

Модель образования типична для северных и центральных областей России: суффикс -ин указывает на принадлежность, часто к отцу или главе семьи. Такие фамилии активно формировались в XV–XVII веках, когда крестьян и посадских людей записывали по отчеству без сословных претензий. В отличие от дворянских фамилий на -ов/-ев, -ин нередко закреплялся за простыми людьми, и Макейкин — не исключение.

Географически фамилия редкая, с очагами в Вологодской, Костромской и Архангельской областях. В этих краях имя Макарий было особенно почитаемо: преподобный Макарий Унженский, основатель монастырей на Волге, считался местным святым. Поэтому Макейкины могли происходить из крестьянского или ремесленного сословия, жившего в зоне влияния Макарьевских обителей.

Встречается и альтернативная версия, связывающая фамилию с прозвищем Макейка от диалектного глагола «макать» (погружать в жидкость) — так могли называть того, кто занимался окрашиванием тканей или работал у маслобойни. Но эта гипотеза слабее: имя Макарий в народных формах даёт больше совпадений, и ономасты (Б. Унбегаун, В. Никонов) приоритет отдают антропонимическому происхождению.

В написании фамилии возможны варианты через «а» — Макайкина, но это уже результат диалектного произношения или ошибок при переписи. Корректная форма с «е» — Макейкина — сохраняет связь с исходным Макей.