Фамилия Макайкина — женская форма, а её основа — прозвище Макайка, которое получил мужчина-родоначальник. Само прозвище напрямую связано с глаголом «макать»: окунать, опускать в жидкость и вынимать, погружать и снова вытаскивать. За этой бытовой, на первый взгляд, характеристикой стоит целый спектр возможных занятий предка.

Макайкой могли прозвать человека за привычку макать блины или оладьи в масло, сметану или мёд — такое прозвище давали скорее в шутку, за столом. Но есть и более серьёзные, ремесленные версии. Одна из них связана с обработкой льна: его вымачивали (макали в воду), чтобы отделить волокна, и человека, занятого этой трудоёмкой работой, могли прозвать по действию. Другая версия — изготовление так называемых маканых (или литых) свечей: фитиль многократно окунали в растопленный воск или сало, наращивая слой за слоем. Это было отдельное ремесло, и прозвище Макайка могло закрепиться за свечником.

Суффикс -к- в основе (Макай-к-а) типичен для русских прозвищ, часто с оттенком фамильярности или уменьшительности, но в данном случае он не столько уменьшает, сколько указывает на лицо по действию. Фамилия образована по стандартной модели: к прозвищу на -а добавили притяжательный суффикс -ин, означающий «чей?» — «сын Макайки». Со временем форма закрепилась, и потомки человека с прозвищем Макайка стали Макайкиными (в женском роде — Макайкина).

Интересно, что фамилия сохранила редкий для современных говоров глагольный оттенок. В отличие от более распространённых фамилий, образованных от крестильных имён (вроде Иванов), Макайкина прямо указывает на занятие или бытовую черту, а не на имя святого. Это ставит её в один ряд с фамилиями-прозвищами, которые могли возникнуть в любой среде — и в крестьянской, и в ремесленной, и в посадской.

Встречается фамилия преимущественно в центральных и северных регионах России, где было развито льноводство и промысел маканых свечей. Точной привязки к одному уезду нет, но ономасты отмечают, что фамилии с основой «мак-» в значении «окунать» чаще фиксируются в ярославских, костромских и вологодских говорах.