Фамилия Маскайкина образована от прозвища Маскайка, и в её основе лежат две основные версии происхождения. Согласно первой, прозвище связано с названием старинной деревни Маскайка в Челябинской области, известной с XVIII века как казачий выселок из Чебаркульской крепости. Выходец из этого поселения мог получить прозвище по месту своего прежнего жительства, что было распространённой практикой в среде казачества и крестьянства. Вторая гипотеза отсылает к татарскому слову «маскай» — «петля» или «силок из конских волос». В таком случае прозвище Маскайка относится к «профессиональным» именованиям и указывает на род занятий предка: он мог изготавливать силки или промышлять охотой.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность конкретному лицу: Маскайкина буквально значит «дочь или жена Маскайки». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ с конечным -а или -ка. Сама форма Маскайка — это уменьшительно-ласкательное или обиходное образование, которое закреплялось за человеком как наиболее употребительное именование в быту, а затем легло в основу фамилии.

Стоит отметить, что обе версии не противоречат друг другу: топонимическая привязка к уральской деревне и тюркская лексика могли сосуществовать в одном регионе. Челябинская область — зона активных русско-татарских и русско-башкирских контактов, поэтому заимствование слова «маскай» в местные говоры вполне вероятно. Однако более правдоподобной выглядит версия с деревней: фамилии, образованные от названий небольших поселений, часто возникали именно там, где человек был известен как «маскайкин» — то есть пришлый из Маскайки. Если бы прозвище носило чисто профессиональный характер, оно скорее сохранило бы форму без уменьшительного суффикса, например Маскаев или Маскаков.

В написании фамилии обращает на себя внимание буква «й» перед суффиксом: это след от исходной формы Маскайка, где й относится к основе. Такое написание устойчиво и не меняется при склонении, что отличает фамилию от более частых образований типа Маскакин или Маскаков. В архивных записях XIX века фамилию могли фиксировать по-разному — Маскайкин, Маскаикин, — но современная орфография закрепила вариант с й.

Что касается географии, фамилия Маскайкина встречается преимущественно в уральских и зауральских регионах, что косвенно подтверждает связь с челябинской деревней. В переписях и метрических книгах носители фамилии фигурируют как государственные крестьяне и казаки — это согласуется с историей Маскайки как казачьего выселка. Потомок человека по прозвищу Маскайка, перебравшись в город или другую губернию, сохранял фамилию как память о корнях, и она передавалась из поколения в поколение, храня сведения о происхождении рода.