Фамилия Макайкин образована от прозвища Макайка. В его основе лежит глагол «макать» — «окунать, опускать в жидкость и вынимать; погружать, потоплять и снова вытаскивать». Само прозвище звучит ласкательно, с уменьшительным суффиксом -к-, и могло относиться к человеку с разными бытовыми занятиями. Скорее всего, Макайкой называли любителя макать оладьи в масло или сметану — эта деталь могла закрепиться за тем, кто делал это особенно часто или с особым аппетитом.

Но есть и другая, более практичная версия. Макайкой могли прозвать мастера, который занимался вымачиванием льна перед обработкой, или того, кто изготавливал маканые свечи — их делали, многократно окуная фитиль в растопленный воск или сало. Такая работа была распространена в крестьянских и ремесленных семьях, и прозвище легко переходило по наследству. Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — Макайкин, то есть сын или потомок Макайки.

Фамилия редкая, её сложно встретить за пределами центральной России и Поволжья. В документах она фиксируется с XIX века, но в метрических книгах и ревизских сказках попадается нечасто. Скорее всего, предки носителей фамилии были крестьянами или посадскими людьми, занимавшимися домашним хозяйством или несложным ремеслом. Иных версий происхождения — от тюркских или финно-угорских корней — у фамилии нет, глагольная основа «макать» здесь очевидна и не требует сложных этимологических построений.