Фамилия Макаев — неоднозначная по происхождению, и её корни ведут в разные языковые и культурные традиции. По одной из версий, которую поддерживал известный тюрколог Н. А. Баскаков, фамилия восходит к мужскому мусульманскому имени Баки. Это имя — один из эпитетов Аллаха, означающий «живущий вечно», «вечный». Сама фамилия в таком случае — видоизменённая форма более распространённой фамилии Бакаев, где начальное «б» перешло в «м» под влиянием местных говоров или при записи фамилии в документах. Арабское слово «бака» (вечность, постоянство) лежит в основе этого имени.

Есть и другая гипотеза, связывающая фамилию с тюркским миром. Согласно ей, в основе лежит слово «макон» — «место пребывания, стоянка, жилище». У кочевых народов это слово было обиходным: оно обозначало временное стойбище или зимовку. Прозвище Макон мог получить человек, отвечавший за выбор места для стоянки, либо тот, кто жил на определённом месте. От этого прозвища и пошла фамилия Макаев.

Интересна и социальная история рода. Макаевы — княжеский род, внесённый в посемейный список княжеских родов Грузии, утверждённый Высочайшей властью в 1850 году. Это указывает на то, что часть носителей фамилии принадлежала к грузинской аристократии, что добавляет ещё один — кавказский — след в историю фамилии.

Среди известных представителей — Георгий Иванович Макаев, московский архитектор начала XX века. Он создал северное крыло Политехнического музея и доходный дом Тарховой на углу Казарменного и Подсосенского переулков — здание, которое считается уникальным для Москвы памятником северного модерна. Другой заметный носитель — Энвер Ахмедович Макаев, лингвист, доктор филологических наук, профессор. Он занимался германскими языками и внёс существенный вклад в изучение языка скандинавских рунических надписей.

Таким образом, фамилия Макаев не сводится к одному корню: она могла возникнуть и в арабо-мусульманской среде от имени-эпитета, и в тюркской — от бытового слова, и в грузинской аристократической среде. Каждая из этих версий подкреплена либо научным авторитетом, либо историческими документами, и все они имеют право на существование в зависимости от конкретной ветви рода.