Фамилия Макакин — редкий случай, когда в основе лежит не имя, а прозвище, причём с довольно неожиданным значением. Корень здесь — «макака», то есть обезьяна. В русских говорах это слово могло означать не только животное, но и человека с ужимками, кривлякой или просто того, кто смешно гримасничает. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Макакин буквально значит «сын Макаки» или «человек из рода Макаки».

Интересно, что фамилия образована не от крестильного имени, а от прозвища, что для русского ономастикона XVIII–XIX веков характерно для непривилегированных сословий. В среде крестьян и мещан прозвище могло закрепиться за родом, если его носитель был заметен необычным поведением или внешностью. При этом не стоит путать Макакина с фамилиями, восходящими к имени Макар, — там суффикс обычно -ов (Макаров). Макакин стоит особняком и встречается гораздо реже.

С точки зрения географии, фамилия тяготеет к центральным и южным областям России, но массового распространения не получила. В дореволюционных переписях её фиксировали в Тамбовской, Рязанской и Воронежской губерниях. Сейчас носителей немного, и фамилия остаётся скорее локальной.

Ономастические словари (например, работы Б. Унбегауна) не выделяют Макакина как отдельную статью, но по модели образования она вписывается в ряд прозвищных фамилий на -ин, образованных от названий животных. Аналог — Козин, Баранов, но с той разницей, что «макака» — слово заимствованное и более позднее, вошедшее в русский язык не раньше XVII века через западноевропейские языки. Так что фамилия не древняя, а возникла, скорее всего, не раньше конца XVII — начала XVIII столетия.

Версия о связи с тюркским «мака» (овца) или «мак» (звукоподражание) маловероятна — слишком далеко от привычной русской словообразовательной модели. Правдоподобнее всего именно прозвищное происхождение от «макаки»: обезьяна в крестьянском быту была диковинкой, и прозвище запоминалось сразу.