Фамилия Макакенко — одна из тех, где за привычным звучанием скрывается сразу несколько версий происхождения, и каждая по-своему любопытна. В основе фамилии лежит прозвище Макакий, а суффикс -енко указывает на украинское происхождение и буквально означает «сын» или «потомок» человека по прозвищу Макакий. Такая модель образования фамилий была особенно распространена в Левобережной и Степной Украине в XVII–XVIII веках.

Самая яркая версия связывает прозвище Макакий с макакой — обезьяной, которую впервые завезли на украинские земли около трёхсот лет назад. Зверёк вызывал всеобщее восхищение повадками и умением подражать людям, поэтому прозвище Макакий мог получить человек, привёзший диковинку из дальних стран — путешественник, купец или мореплаватель. В те времена такие люди были на виду, и необычное прозвище легко закреплялось.

Вторая версия, более прозаичная, отталкивается от глагола «макать» — опускать в жидкость и вынимать. В быту макальщиками называли тех, кто любил макать оладьи в масло или сухари в чай. Но было и ремесленное значение: «макать» могли лён при обработке или свечи при изготовлении. Таким образом, прозвище Макакий могло указывать на род занятий или просто на гастрономическую привычку.

Фамилия Макакенко встречается нечасто, но среди её носителей есть люди, оставившие след в общественной и научной жизни Украины: известна бизнес-леди Ольга Макакенко и доктор философских наук Яна Макакенко.