Фамилия Макаенко — украинская по модели образования, с характерным суффиксом -енко, который указывает на потомка («сын Макая» или «сын Мака»). В украинской ономастике суффикс -енко был настолько массовым в XVI–XVII веках, что по нему безошибочно определяют происхождение фамилии с территории современной Украины, особенно её центральных и левобережных областей.

Основа фамилии — прозвище Макай. Его связывают с глаголом «макать»: окунать, опускать в жидкость и вынимать. Прозвище могло закрепиться за человеком по нескольким причинам. Самая прямая — вкусовые пристрастия: так могли назвать любителя макать оладьи в масло или сметану. Но не менее вероятно, что прозвище относилось к реальному ремеслу. В старом крестьянском быту маканьем называли изготовление маканых свечей — их делали, многократно окуная фитиль в растопленный воск или сало. Другая версия — вымачивание льна: перед обработкой стебли льна «макали» в воду, и человек, занятый этим трудом, мог получить прозвище Макай.

Встречается и более редкая версия: связь с каноническим именем Макарий (от греческого «макариос» — блаженный, счастливый). В просторечии имя Макарий нередко сокращали до Макай, а от этой формы уже образовывали фамилию с суффиксом -енко. Но в украинской среде прозвищная версия от глагола «макать» выглядит убедительнее: такие «ремесленные» прозвища были распространены шире, чем уменьшительные формы редких церковных имён.

Фамилия Макаенко — не единственная в этом ряду. Та же основа дала фамилии Макаев, Макай, Макаенков. Разница лишь в суффиксе: -ев указывает на великорусскую модель (чей? — Макаев), а -енко — на украинскую. По сословной принадлежности предки Макаенко, скорее всего, были казаками или крестьянами: фамилии на -енко в массе своей недворянские, хотя отдельные казацкие старшины и получали дворянство, но это скорее исключение.