Фамилия Макаоенко звучит необычно, и это не случайно: её основа — не каноническое имя, а прозвище, связанное с географией или торговлей. В русском языке слово «макао» имеет два основных значения: португальская колония в Китае (ныне Макао) и азартная карточная игра, популярная в XIX веке. Оба варианта могли лечь в основу прозвища Макао, от которого и образована фамилия.

Наиболее правдоподобна версия, связывающая фамилию с игрой. В среде картёжников или трактирщиков человека могли прозвать Макао за пристрастие к этой игре или за то, что он держал игорный дом. Менее вероятно, но не исключено, что прозвище дали моряку или купцу, побывавшему в Макао — в таком случае оно указывало бы на дальние странствия. Третий, совсем редкий вариант — от диалектного украинского «макати» (макать, окунать), но суффикс -енко здесь скорее указывает на украинское происхождение, чем на связь с действием.

Суффикс -енко — классический украинский патронимический формант, означающий «сын» или «потомок». Таким образом, Макаоенко — «сын Макао». Фамилия с таким суффиксом характерна для центральных и восточных областей Украины, особенно для Полтавщины и Черниговщины, где подобные прозвищные фамилии были массовым явлением. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые указывали на принадлежность отцу, -енко подчёркивало родство по линии предка-основателя, часто носившего прозвище.

Встречаются и однокоренные варианты — Макаенко, Макаенков, но написание через «о» (Макаоенко) встречается реже и сохраняет исходную форму прозвища без редукции. Это говорит о том, что фамилия могла записываться в документах буквально, как слышалась, и не подверглась «обрусению» окончания. В современных справочниках фамилия редкая, что подтверждает её локальный характер. Носители Макаоенко, скорее всего, происходят из одной или нескольких соседних местностей, где прозвище Макао было в ходу среди казаков или крестьян.