Фамилия Макафкина почти наверняка образована от мужского варианта Макафкин, который, в свою очередь, восходит к имени или прозвищу Макафка. Перед нами яркий пример просторечной, бытовой русской фамилии, где основа подверглась фонетическим изменениям, характерным для живой речи.

В основе лежит каноническое имя Макарий (от греческого «макариос» — блаженный, счастливый). В народе это имя давало десятки уменьшительных форм: Макар, Макаша, Макара, а также Макафка. Переход «р» в «ф» — не ошибка, а типичное явление русской диалектной фонетики (ср. «Афанасий» из «Афанасий» или просторечное «транвай»). Так что Макафка — это тот же Макар, но в ласкательной, «домашней» огласовке.

Фамилия образована по самой распространённой русской модели: к основе Макафк- добавили притяжательный суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — Макафкин, то есть сын Макафки). Такие фамилии (на -ин) в центральной и северной России носили крестьяне и мещане, реже — духовенство. Носитель фамилии Макафкин — потомок человека, которого в семье или на деревне звали ласково Макафкой.

Географически фамилия редкая и тяготеет к регионам, где были сильны окающие говоры и где имя Макарий было особенно популярно — например, к Поволжью, Вятке, Архангельской области. Встречаются варианты написания Макофкин, Макафтьев, но Макафкин — наиболее последовательная форма, закрепившаяся в паспортах. Социальный контекст простой: предки — крестьяне или посадские люди, чью фамилию записал грамотный писарь на слух, не пытаясь «исправить» народное произношение на книжный лад.